Hay que recordar que para Bacon la ciencia debe tener un objetivo práctico: transformar la Naturaleza para ponerla al servicio del hombre, lo cual supone conocerla bien. Por tanto, también el método tiene finalidad práctica (y teórica, por supuesto).
Bacon utiliza aquí una terminología particular. Todo cuerpo, escribe, posee múltiples naturalezas (propiedades, cualidades), las cuales tienen como causa inmanente una forma (esencia y ley inmanente). Bacon pretende que su concepto de «forma» nada tiene que ver con el concepto aristotélico correspondiente, lo cual no es del todo cierto. En cualquier caso, la «forma» siempre está oculta, y debe ser descubierta. Y lo interesante es esto: si descubrimos la «forma», podremos modificar las propiedades (o «naturalezas») de las cosas de un modo seguro, y no sólo por el azar de experimentos no dirigidos (como en la alquimia o la magia). Bacon perseguía fines prácticos como hacer un cristal más transparente, un hierro más ligero y resistente, etc. Así pues, el objetivo del método era conseguir «engendrar en un cuerpo una nueva o nuevas naturalezas, transformar unos cuerpos en otros, en la medida de lo posible».
El método para descubrir las formas es la inducción. Y tiene las siguientes partes:
1. Se reúnen todos los hechos que sean posibles acerca de la «naturaleza» que se quiera investigar. Por ejemplo, el calor. A esta parte la llama Bacon «Historia natural y experimental»
2. Se ordenan estos hechos según tres tablas: tabla de presencia (hechos en los que se da esa naturaleza o fenómeno), tabla de ausencia (hechos en los que no se da), tabla de grados (hechos en que varía). En la primera tabla se trata de reunir los hechos más dispares posibles; en cambio, en la tabla de ausencia se trata de recoger hechos semejantes a los de la primera tabla, pero tales que en ellos no se manifieste el fenómeno. Ambas tablas deben ir, pues, coordinadas entre sí. Por ejemplo, en la primera tabla recoge Bacon los rayos del Sol como primer hecho (en los que se da el calor), y en la segunda, los rayos de la Luna.
3. Se procede a la inducción propiamente dicha, la cual comienza por el procedimiento de exclusiones: excluir como «forma» aquello que no se encuentra cuando se da el fenómeno, o que se encuentra cuando no se da, o que aumenta cuando el fenómeno disminuye, o disminuye cuando el fenómeno aumenta. La coordinación de las dos primeras tablas facilita las exclusiones: en el ejemplo citado, Bacon dice que hay que excluir el fulgor y la luz como causa o «forma» del calor (puesto que hay luz en los rayos del Sol, pero también en los de la Luna). A base de exclusiones, dice Bacon, «quedará como en el fondo, desvaneciéndose en humo las opiniones volátiles, la forma positiva, sólida y verdadera, y bien determinada».
4. Ahora bien, Bacon reconoce que este trabajo es muy arduo y supone muchos rodeos. Por eso propone algunos auxiliares para la inducción. El primero es lo que llama «esbozo de interpretación», o «primera vendimia», que no es sino la formulación de una hipótesis provisional a partir de los casos en que la forma buscada parece encontrarse de un modo más claro. A continuación señala Bacon nueve auxiliares más para la inducción, de los cuales sólo desarrolló el primero: la enumeración de veintisiete «hechos preferentes».
En realidad, Bacon no inventó la inducción: ya fue utilizada desde los primeros filósofos griegos. Pero Bacon ve en la inducción de los antiguos una «anticipación» de la Naturaleza. Además, era una inducción que procedía por «simple enumeración» (de casos positivos), deficiencia que Bacon supo ver, por lo que junto a la tabla de «presencia» añadió la de «ausencia» y «grados», en lo cual consiste la verdadera innovación baconiana. Sin embargo, Bacon no consiguió perfeccionar su método inductivo, y finalmente pareció dejarse vencer por la complejidad del mismo.
Además, Bacon no llegó a captar el valor de las matemáticas, y cifró el objetivo de su método en la búsqueda de la «forma» (esencia) y de las «naturalezas» (cualidades). Justamente, los grandes científicos de esta época se orientarán en una dirección contraria: el método hipotético-deductivo, la matematización, la consideración cuantitativa. Bacon ignoró realmente la ciencia de su época y creó un método que nadie llegó a utilizar.
